口服避孕药目前在绝大多数地区都是最受欢迎的避孕方式。尽管理论上如果正确使用，口服避孕药的避孕效果可以达到 99%，然而由于服用剂量错误、药物相互反应或者某些疾病影响，有大约 9% 的口服避孕药使用者会在使用的第一年怀孕，还有一些女性会在停用避孕药之后很快怀孕。这都会导致她们的胎儿暴露在外源性性激素（比如孕酮）的环境中。
迄今为止，只有一些关于口服避孕药安全性的研究，而并没有关于在怀孕前或者怀孕中服用了避孕药与新生儿健康之间关系的研究。这些母亲体内循环的外源性性激素是否会对胎儿产生有害影响、这些循环的外源性性激素的作用多久才会被消除，这些问题目前都尚不清楚。
以前有文献报道，外源性性激素能增加血浆维生素 A 浓度，而维生素 A 则能够致畸。还有文献称口服避孕药能够降低血清叶酸浓度，这也可能导致许多出生缺陷。
为了研究妊娠早期使用口服避孕药究竟是否能增加新生儿出生缺陷的风险，丹麦流行病研究中心的 Ditte Mølgaard-Nielsen 教授统计了从 1997 年 1 月到 2011 年 3 月在丹麦注册出生的 880694 名符合条件的新生儿并设计了一项队列研究，相关结果发表在近期的 British Medical Journal 上。
丹麦国家处方登记中心有每个公民从 1995 年开始的处方记录，由于避孕药的使用实在是太过于广泛，研究人员将人群分成了远期避孕药组（怀孕前超过 3 个月未服用过避孕药，此为对照组）、近期使用组（怀孕前 3 个月内服用过避孕药）和怀孕后使用组三个组。
研究人员发现，与对照组（即怀孕前超过 3 个月未服用过避孕药组）相比，剩下的两个组的女性普遍更年轻、未婚先孕的比例更大、受教育水平更低、收入更低，并且大多为初产妇、怀孕时抽烟的概率也更大。
即便是在这样的背景下，研究人员发现以上三组人群中重大出生缺陷的发生率为 25/1000、24.9/1000 和 24.8/1000。也就是说母亲在妊娠早期使用口服避孕药并不能增加新生儿出生缺陷的风险。
研究人员进一步对各个系统的出生缺陷进行了分项统计，尤其针对曾有文献报道过的左心发育不全综合征、腹裂、肢体缺陷和尿路异常进行了统计，然后发现口服避孕药并不能增加任何一个系统的出生缺陷风险。
总之，研究人员认为母亲在怀孕前数月或者怀孕后口服避孕药并不能明确增加重大出生缺陷的风险。对于那些在口服避孕药时突然发现自己怀孕了的母亲，大可不必担心自己体内外源的性激素会增加自己宝宝出生缺陷的几率。
